Среда, 21 февраля, 2024
ДомойЗдоровьеПирола Паник? Т-клетки могут быть нашим секретным оружием против последнего «варианта...

Пирола Паник? Т-клетки могут быть нашим секретным оружием против последнего «варианта беспокойства» COVID

- Advertisement -

Новый вариант SARS-CoV-2, Пирола (BA.2.86), был обнаружен во всем мире, что вызывает обеспокоенность из-за высокой частоты мутаций. Исследователи из Института иммунологии Ла-Хойи используют базу данных иммунных эпитопов для прогнозирования реакции Т-клеток на пиролу, обнаруживая, что существующие вакцины и предыдущее воздействие таких вариантов, как Омикрон, все еще могут обеспечивать значительную защиту. Хотя результаты являются многообещающими, они остаются прогнозирующими и требуют дальнейшей экспериментальной проверки. Фото: SciTechDaily.com

Ученые LJI используют биоинформатику, чтобы предсказать, как Т-клетки могут адаптироваться к борьбе с сильно мутировавшим вариантом Пиролы.

В августе исследователи обнаружили новый SARS-CoV-2 «вариант беспокойства» у пациентов в Израиле и Дании. С тех пор этот вариант, получивший название BA.2.86 или «Пирола», распространился по всему миру. Вариант Пиролы вызвал тревогу, поскольку он сильно мутировал. Фактически, Пирола так же мутирован, как и вариант Омикрон, по сравнению с ранним вариантом SARS-CoV-2, включенным в первоначальные прививки.

По мере распространения Пиролы исследователи из Института иммунологии Ла-Хойи (LJI) выясняют, может ли COVID-19 вакцины (или предыдущее воздействие SARS-CoV-2) все еще могут защитить людей от тяжелого заболевания.

«Есть опасения, что вирус при таком большом количестве мутаций Т-клеточный иммунитет «ускользнет», — говорит профессор LJI Алессандро Сетте, доктор биологических наук.

Теперь новое исследование в Клетка-хозяин и микроб предполагает, что Т-клетки могут видеть мутации Пиролы насквозь и находить свои цели. «Наш анализ показывает, что есть положительные новости», — говорит доцент LJI Альба Грифони, доктор философии. «Похоже, что предыдущее воздействие Омикрона — или вакцинация новыми двухвалентными вакцинами — может вооружить человека Т-клетками, которые могут «догнать» и генерировать реакции, специфичные для борьбы с Пиролой».

Профессор LJI Алессандро Сетте, доктор биологических наук. Фото: Институт иммунологии Ла-Хойи.

Использование биоинформатики

Для нового исследования Сетте и Грифони обратились к ресурсу под названием База данных иммунных эпитопов (IEDB). В этой базе данных хранятся ценные данные, собранные иммунологами со всего мира, описывающие, как иммунные клетки распознают фрагменты или «эпитопы» микробов.

Благодаря обилию данных в IEDB у исследователей уже была подробная картина того, как вакцины против COVID-19 или предыдущее воздействие SARS-CoV-2 «обучают» Т-клетки нацеливаться на эпитопы SARS-CoV-2. Исследователи извлекли эти данные IEDB и разработали биоинформатический конвейер, чтобы предсказать, как эти Т-клетки отреагируют на вариант Пиролы.

«Мы смоделировали реакцию Т-клеток на Пиролу на основе экспериментальных и прогнозируемых данных предыдущих вариантов SARS-CoV-2», — говорит Грифони.

Исследователи обнаружили, что большинство Т-клеток все еще могут нацеливаться на эпитопы Пиролы:

  • В целом, 72 процента фрагментов, распознаваемых ответами CD4+ «хелперных» Т-клеток, и 89 процентов CD8+ «киллерных» эпитопов Т-клеток были неизмененными или «консервативными» между вариантами.
  • Исследователи обнаружили меньше консервативных эпитопов Т-клеток в белке «Spike» Пиролы, как и ожидалось, учитывая, что он содержит большинство мутаций. Только 56 процентов эпитопов «помощников» Т-клеток CD4+ и эпитопов Т-клеток «киллеров» CD8+ были законсервированы на этом основном структурном белке. Это была потенциальная проблема, поскольку нынешние вакцины против COVID-19 предназначены только для того, чтобы научить иммунные клетки распознавать эпитопы Спайка и нацеливаться на них.
  • Тем не менее, когда исследователи более внимательно изучили фрагменты Спайка, они обнаружили, что 96 процентов эпитопов «помощников» Т-клеток CD4+ и 62 процента эпитопов Т-клеток «киллеров» CD8+ были достаточно схожи, чтобы Т-клетки, вероятно, все еще могли их распознавать.

Короче говоря, если Пирола хочет уклониться от Т-клеток, то у нее это не очень хорошо получается.

Ассистент по исследованиям LJI Альба Грифони, доктор философии. Фото: Институт иммунологии Ла-Хойи.

«Многие эпитопы, распознаваемые иммунной системой, все еще сохраняются в новом варианте Пиролы», — говорит Сетте. «Мы твердо прогнозируем, что вирус все равно будет распознаваться Т-клетками».

«Т-клетки также могут быть способны «бегать» за недавно мутировавшими пептидами Пиролы, чтобы вызвать новый ответ против этих эпитопов, как мы видели для других вариантов», — добавляет Грифони. «Мы думаем, что это может сыграть роль в том, почему, несмотря на эволюцию вируса, мы не наблюдали более тяжелого заболевания в случаях инфекции Пиролы или других более поздних вариантов».

Следующие шаги

Грифони подчеркивает, что эти результаты являются прогнозами, а не наблюдениями, основанными на реальных инфекциях Пиролы. Тем не менее, она считает важным посмотреть, как эти предсказания «in silico» (на компьютере) отражаются в недавних практических исследованиях. «Нам все еще нужна экспериментальная проверка, но мы установили несколько коллабораций по всему миру, которые изучают этот вопрос прямо сейчас», — говорит Грифони.

Многие люди по-прежнему уязвимы к инфекции SARS-COV-2, даже к варианту Пирола, добавляет Сетте. «Вот почему людей по-прежнему следует вакцинировать, особенно обновленными вакцинами».

В настоящее время исследователи собирают экспериментальные данные, чтобы узнать больше об ответах Т-клеток на варианты и еще больше усовершенствовать свои инструменты прогнозирования. Грифони особенно любопытно выяснить, как именно люди, перенесшие ревакцинацию бивалентной вакциной и/или «прорывные» инфекции, повышают Т-клеточный ответ против будущих вариантов.

Ссылка: «Предполагается, что ранее существовавшие Т-клетки, специфичные для SARS-2, будут перекрестно распознавать BA.2.86», Алессандро Сетте, Джон Сидни и Альба Грифони, 8 декабря 2023 г., Клетка-хозяин и микроб.
DOI: 10.1016/j.chom.2023.11.010

В исследовании «Предполагается, что ранее существовавшие Т-клетки, специфичные для SARS-2, перекрестно распознают BA.2.86», участвовал автор исследования Джон Сидни. Исследование было поддержано Национальные институты здоровьяНациональный институт аллергии и инфекционных заболеваний (Контракт № 75N93021C00016 и Контракт № 75N93019C00001.)

Исходная ссылка

- Advertisement -

Популярное по теме